A DEN é subordinada à Diretoria-Geral do Material da Marinha, tem como titular um Diretor (DEN-01), auxiliado por um Vice-Diretor (DEN-02), e compreende quatro Superintendências, a saber:
- Superintendência de Programas (DEN-10);
- Superintendência Técnica (DEN-20);
- Superintendência de Administração (DEN-30); e
- Superintendência de Apoio Logístico Integrado (DEN-40).
O Diretor dispõe de um Gabinete (DEN-03) e é assessorado por uma Assessoria Jurídica (DEN-04), uma Assessoria de Ordenação de Despesas (DEN-05), por um Conselho de Gestão (DEN-06), e por uma Assessoria de Planejamento (DEN-07).