O CTMSP, no compromisso em manter a qualidade do meio ambiente para as gerações atual e futura, assegura o atendimento à legislação e normas ambientais vigentes, aplicando sempre a melhoria contínua dos processos para prevenir a poluição e minimizar os impactos das atividades nucleares e industriais ao meio ambiente.
Por meio do Sistema de Gestão Ambiental, o Centro promove a atualização dos objetivos, o controle e o monitoramento do meio ambiente e a conscientização e treinamento dos colaboradores militares e civis.